【佳學(xué)基因檢測】基因檢測NTRK1重排非小細(xì)胞肺癌采用
恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)獲得持久效果

非小細(xì)胞肺癌靶向藥物基因檢測導(dǎo)讀：

導(dǎo)致致癌受體酪氨酸激酶融合表達(dá)的染色體重排發(fā)生在一部分上皮惡性腫瘤中，并且可能是對酪氨酸激酶抑制劑敏感性的基礎(chǔ) 。根據(jù)《腫瘤靶向藥物治療需要致病基因鑒定基因解碼結(jié)果》，原肌球蛋白相關(guān)激酶 (Trk) 蛋白 TrkA、TrkB 和 TrkC 分別是由 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 編碼的受體酪氨酸激酶，通常在神經(jīng)元發(fā)育過程中發(fā)揮作用。 NSCLC 中的 NTRK1 基因重排首先在具有腺癌組織學(xué)且未檢測到 EGFR 或 KRAS 突變或 ALK 或 ROS1 基因重排的 NSCLC 患者群體中通過正確用藥850基因檢測被發(fā)現(xiàn)。在早初的探索性發(fā)現(xiàn)中，通過熒光原位雜交 (FISH) 以 3% 的頻率檢測到 NTRK1 重排。 NTRK1 基因重排也以低頻率發(fā)生在其他實(shí)體瘤惡性腫瘤中，包括結(jié)直腸癌、肝內(nèi)膽管癌、乳頭狀甲狀腺癌、spitzoid 腫瘤、膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤和肉瘤。在多種實(shí)體瘤惡性腫瘤中也觀察到了涉及 NTRK2 和 NTRK3 的基因重排。在所有的患者中，通過基因解碼發(fā)現(xiàn)，測序的融合基因產(chǎn)物都保留了酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域，支持通過這些融合產(chǎn)物的激酶信號轉(zhuǎn)導(dǎo)促進(jìn)細(xì)胞生長和存活的基因解碼基礎(chǔ)。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)是一種可口服的 TrkA、TrkB、TrkC、ROS1 和 ALK 小分子抑制劑。在生化激酶測定中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib) 抑制 TrkA，IC50 為 1.7 nM。恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)抑制表達(dá) TPM3-NTRK1 融合產(chǎn)物的 KM-12 人結(jié)直腸細(xì)胞系的細(xì)胞增殖、TrkA 磷酸化和下游通路激活。在 KM-12 異種移植物中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)誘導(dǎo)腫瘤消退和持久的腫瘤穩(wěn)定。在來自攜帶 TPM3-NTRK1 融合的結(jié)直腸癌患者的患者來源細(xì)胞 (PDC) 模型中觀察到類似的效果。恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)已獲得臨床使用許可，用于在 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 中發(fā)生分子改變（1/2a 期，NCT 02097810）或基因重排（2 期，NCT 02568267）的局部晚期或轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤惡性腫瘤患者 .

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測部分技術(shù)介紹

用于鑒定非小細(xì)胞肺癌及其他腫瘤中的NTRK1的AMP-PCR

為了從臨床樣本中檢測涉及 NTRK1 的融合轉(zhuǎn)錄本，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測采用了AMP-PCR技術(shù)。同時，采用腫瘤正確用藥850基因解碼中的測序文庫靶向多種癌基因中已知的融合外顯子，包括 ALK、ROS1、RET 和 NTRK1。

熒光原位雜交 (FISH)在恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測的使用

使用 FISH 進(jìn)一步確認(rèn)疑似 NTRK1 基因重排的病例。腫瘤基因解碼基因檢測使用了一種分離 FISH 方法，使用分別對應(yīng)于 NTRK1 基因側(cè)翼的 5' (RP11-1047J23) 和 3' (RP11-1038N13) 序列的 BAC 克隆，分別用綠色和紅色標(biāo)記的缺口翻譯。將 FFPE 載玻片脫石蠟、用蛋白酶處理，并使用 Hybrite 載玻片處理器與 FISH 探針共變性、洗滌、復(fù)染和蓋玻片，并使用配備紅色、綠色和 DAPI 過濾器。使用 Cytovision 軟件（Genetix Inc., San Jose, CA）捕獲和分析圖像。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測1期臨床試驗(yàn)的組織

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)在患有局部晚期或轉(zhuǎn)移性腫瘤的成年患者中的 1 期劑量遞增研究正在進(jìn)行中 (NCT02097810)。患者的入組標(biāo)準(zhǔn)是通過腫瘤靶向藥物基因檢測明確具有 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 基因突變的局部晚期或轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤惡性腫瘤、根據(jù)RECIST) v1.1 可測量的疾病，以及ECOG) 的表現(xiàn)狀態(tài)評估 (PS) ≤ 2。在沒有抗驚厥治療的情況下，允許受控的無癥狀中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS) 疾病受累的患者。使用不良事件通用術(shù)語標(biāo)準(zhǔn) (CTCAE) v4.0 對毒性進(jìn)行分級，并使用 RECIST v1.1 測量反應(yīng)。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測的部分臨床實(shí)驗(yàn)結(jié)果

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測對1378 份 NSCLC 腫瘤標(biāo)本進(jìn)行了 AMP 檢測，發(fā)現(xiàn)其中的兩個樣本具有 NTRK1 基因重排（0.1%，95% 置信區(qū)間 0.01%，0.5%）。一個是TPM3-NTRK1 重排。另一個是包含來自 SQSTM1（sequestosome 1）和 NTRK1 序列的融合轉(zhuǎn)錄本。從 NTRK1 的外顯子 10 延伸的引物擴(kuò)增了 SQSTM1 的外顯子 6 的連續(xù)序列。擴(kuò)增的融合轉(zhuǎn)錄物的連接點(diǎn)位于外顯子邊界，并導(dǎo)致框內(nèi)融合。預(yù)測的融合基因產(chǎn)物包括 SQSTM19 的 PB1 二聚化結(jié)構(gòu)域和 TrkA 的酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域。 FISH 證實(shí)了 NTRK1 重排。值得注意的是，SQSTM1 之前曾被描述為與 ALK 在 NSCLC和B 細(xì)胞淋巴瘤中的融合對象。基于這些結(jié)果，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測分析該患者腫瘤中的融合蛋白已表達(dá)并具有功能。

患者是一名男性，2013 年被確診為 IV 期肺腺癌。他有 30 包年的吸煙史，盡管之前接受過卡鉑和培美曲塞、派姆單抗、多西紫杉醇和長春瑞濱。入組時，患者的 ECOG 體能評分為 2，伴有基線胸壁疼痛、靜息時呼吸困難，鼻插管需氧量為 3 升/分鐘。患者有一個可觸及的左胸壁腫塊，直徑約 5 cm，相關(guān)可觸及的 1 cm 衛(wèi)星結(jié)節(jié)從腫塊延伸到左腋窩。與 18 個月前的最近一次腦部 MRI 相比，頭部分期CT 顯示 15-20 個無癥狀的新腦轉(zhuǎn)移。

他參加了每天口服 400 mg/m2 entrectinib 的 1 期試驗(yàn)。該藥物耐受性良好，1 級味覺障礙、1 級感覺異常和 2 級疲勞等可能相關(guān)的不良事件隨后均得到解決。在開始治療后的三周內(nèi)，患者報告疼痛和呼吸困難消失，不再需要吸氧。

26 天時的重新分期 CT 掃描顯示 RECIST 部分反應(yīng)為 -47%。先前的右側(cè)胸腔積液得到解決，左上葉和下葉間歇性明顯再擴(kuò)張，并且左肺先前的彌漫性實(shí)變不透明部分消退。左上葉其他區(qū)域的毛玻璃樣和間隔增厚的腫瘤減少，被認(rèn)為代表疾病淋巴管擴(kuò)散的改善。胸膜增厚減少。在縱隔，先前巨大的雙側(cè)淋巴結(jié)腫大有顯著的間隔消退。在腹部，先前的腹主動脈旁淋巴結(jié)腫大有顯著改善。先前可見的骨轉(zhuǎn)移硬化增加，與治療反應(yīng)一致。檢查時雙側(cè)胸壁腫塊變小變平，不再觸及衛(wèi)星結(jié)節(jié)。放射學(xué)反應(yīng)得到證實(shí)，并在后續(xù)掃描中持續(xù)進(jìn)行。在第 155 天，再一次分期掃描顯示腫瘤進(jìn)一步縮小，與基線相比為 -77%。左下葉實(shí)變持續(xù)改善，縱隔淋巴結(jié)大小持續(xù)縮小。之前的左胸壁腫塊在掃描中不再明顯或可見。他沒有新的疾病受累部位。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測如何評價臨床應(yīng)用結(jié)果

Trk 信號通常參與神經(jīng)元發(fā)育、突觸功能和可塑性。野生型 TrkA、TrkB 和 TrkC 通過配體依賴性二聚化發(fā)揮作用，導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域內(nèi)酪氨酸殘基的磷酸化、支架蛋白的募集和下游信號的激活。腫瘤致病基因鑒定基因解碼認(rèn)為絲裂原活化蛋白激酶 (MAPK)、磷脂酶 C-γ (PLC-γ) 和磷脂酰肌醇 3-激酶 (PI3K) 途徑介導(dǎo)細(xì)胞分化和存活。 NTRK1 基因重排，導(dǎo)致 TrkA 融合蛋白的表達(dá) ，是NSCLC 中致癌驅(qū)動因素之一。與涉及其他受體酪氨酸激酶（如 ALK 或 ROS1）的基因重排一樣，NTRK 基因融合被認(rèn)為通過配體非依賴性二聚化和下游通路激活發(fā)揮作用。在基線時缺乏致癌潛力的細(xì)胞系中，強(qiáng)制表達(dá) MPRIP-NTRK1 或 CD74-NTRK1 基因融合會導(dǎo)致 TrkA 磷酸化，錨定獨(dú)立裸鼠的凹痕生長和腫瘤形成。在表達(dá)組成型活性 TrkA 的細(xì)胞系中，TrkA 信號傳導(dǎo)的藥理學(xué)抑制導(dǎo)致體外細(xì)胞活力降低。因此，腫瘤致病基因鑒定基因解碼為為NSCLC 中的 NTRK1 基因重排驅(qū)動腫瘤進(jìn)展，并可能賦予對 TrkA 抑制的敏感性。

在一名 NTRK1 重排 NSCLC 患者中，使用 entrectinib 治療可使疾病快速且具有臨床意義的改善，且副作用最小。值得注意的是，該患者的所有 CNS 轉(zhuǎn)移（在篩查時發(fā)現(xiàn)且未接受放射治療）在 entrectinib 上有效消退，表明該藥物具有強(qiáng)大的 CNS 滲透性和活性。這種反應(yīng)表明，與 NSCLC 中的 ALK 和 ROS1 重排一樣，NSCLC 中的 TrkA 融合驅(qū)動腫瘤生長和存活并且是可靶向的。《佳學(xué)基因腫瘤靶向藥物治療基因檢測病案集》中的一個案例描述了在患有 LMNA-NTRK1 基因重排的轉(zhuǎn)移性肉瘤患者中對 Loxo-101（一種小分子泛 Trk 抑制劑）有類似的顯著的臨床反應(yīng)，進(jìn)一步支持了 NTRK 基因重排可以作為強(qiáng)致癌基因的基因解碼結(jié)果，它是多種腫瘤組織的驅(qū)動因素。腫瘤基因解碼基因檢測得出結(jié)論，對于 NTRK1 基因重排患者，包括轉(zhuǎn)移性中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病患者，entrectinib是一種有效的抗腫瘤療法。

NSCLC 中的 NTRK1 基因重排很少見。恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測大規(guī)模臨床應(yīng)用實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)該隊(duì)列中 0.1% 的 NSCLC 中發(fā)現(xiàn) NTRK1 基因重排，頻率低于 3%，這和佳學(xué)基因病案集中的大數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)是一致的。同時，在 268 例日本 NSCLC 手術(shù)切除病例中，RT-PCR 未檢測到 NTRK1 融合轉(zhuǎn)錄物。此外，在檢測涉及 ALK、ROS1 和 RET 的基因重排時，與 FISH 相比，AMP 測定顯示出 100% 的靈敏度（95% 置信限度 99.3–100%）。在不同的基因檢測技術(shù)中，F(xiàn)ISH 可以檢測不導(dǎo)致融合轉(zhuǎn)錄物表達(dá)或融合轉(zhuǎn)錄物以低水平表達(dá)的染色體重排，而 AMP 檢測融合 RNA 轉(zhuǎn)錄物。另外，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測注意到我們的隊(duì)列包括轉(zhuǎn)移性和早期 NSCLC 的混合體。 NTRK1 重排可能在轉(zhuǎn)移性疾病中更常見，就像 ALK 重排一樣。鑒于 NTRK1 基因重排的頻率較低，由于組織可用性或成本的限制，使用 FISH 進(jìn)行篩選可能不切實(shí)際。將 NTRK1 重排測試納入基于多重 NGS 的測定中，可以同時篩選其他基因中的 NTRK1 基因重排。NTRK1 重排的 NSCLC 患者對 entrectinib 的深刻而持久的臨床反應(yīng)強(qiáng)烈支持對同時患有 NSCLC 和其他實(shí)體瘤惡性腫瘤的患者進(jìn)行 NTRK 基因重排的檢測。

(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)

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